מטרת הטיפול במחלות ספונדילוארתרופתיות הינה לשכך כאב, לדכא את התהליך הדלקתי ולשמר תפקוד.
הגישה הטיפולית במחלות ספונדילוארתרופתיות מותאמת על פי מידת פעילות המחלה הדלקתית, תבנית המעורבות המפרקית והתסמנויות חוץ מפרקיות (דלקת עיניים, פסוריאסיס, מחלת מעי דלקתית). תבנית המעורבות המפרקית תיתכן באחת מ- 3 תבניות: (1) מעורבות מפרקי הציר בלבד (עמוד השדרה והאגן), (2) מעורבות מפרקים היקפיים בלבד דוגמת מפרקי כתפיים, כפות ידיים, ירכיים, ברכיים וכפות רגליים, (3) מעורבות הן של מפרקי הציר והן של מפרקים היקפיים.

1. בחולים הסובלים ממחלה פעילה המערבת את מפרקי הציר בלבד קו הטיפול הראשון הוא בתרופות נוגדות דלקת לא סטרואידאליות (NSAIDs) ובמידה והן אינן יעילות ו/או יש הוראת נגד לשמוש בהן, קו הטיפול השני הוא בתרופה ביולוגית נוגדת TNFα.
2. בחולים עם תבנית מחלה המערבת מפרקים היקפיים בלבד ניתן להיעזר ב–NSAIDs אך הן לרוב אינן מספיקות ונהוג לנסות טיפול בתרופה פומית בשם סלזופירין או לעיתים מתוטרקסאט או ערבה. במידה וטיפול זה איננו מספיק יעיל, קו הטיפול הבא הוא בתרופה ביולוגית נוגדת TNFα.
3. בחולים עם תבנית מחלה המערבת הן את מפרקי הציר והן את המפרקים ההיקפיים מומלץ טיפול ב– NSAIDs עבור טיפול במפרקי הציר, בשילוב עם ניסיון טיפול בסלזופירין עבור טיפול במפרקים ההיקפיים. עם זאת, אם התהליך הדלקתי במפרקי הציר איננו נשלט היטב עם NSAIDs, קו הטיפול השני יהיה בתרופה ביולוגית נוגדת TNFα בדומה לטיפול בחולים בהם יש מעורבות מפרקי הציר בלבד.

יש לציין כי בחולים הסובלים מספונדילואתרופתיה המלווה במחלת מעי דלקתית מומלץ להימנע
מטיפול ב- NSAIDs העלול להחמיר את מחלת המעי הדלקתית. בנוסף, חשוב לציין כי יחד עם הטיפול התרופתי, חלק בלתי נפרד מהטיפול בספונדילוארתרופתיות כולל תרגילים מותאמים ופיזיותרפיה במטרה לשמר את טווחי התנועה, הגמישות וכוח השרירים.